Era figlio di Giovanni Manuele d'Aviz, Infante di Portogallo, e di Giovanna d'Asburgo. Il padre morì lo stesso anno della sua nascita. La madre invece abbandonò il figlioletto di tre mesi per chiudersi in un convento. Non lo rivide mai più. Sebastiano divenne re il 11 giugno 1557 dopo la morte del nonno Giovanni III. Nella primavera nel 1578 decise di rafforzare l'influenza portoghese sul Marocco. Il re s'imbarcò a Belém con una flotta di 800 navi e circa 20000 uomini. Il 4 agosto schierò le proprie truppe nei pressi di Alcácer-Quibir incurante della grande supremazia di uomini su cui poteva contare il suo rivale Mulay Abdelmalik, che aveva radunato all'incirca 40000 cavalieri. La battaglia durò circa 5 ore e nonostante il comportamento eroico dei soldati portoghesi si concluse in una carneficina. Soltanto alcune centinaia di cavalieri portoghesi riuscirono a riparare nelle piazzeforti costiere. Il corpo di re Sebastiano I non fu mai trovato e tale assenza di certezza relativamente alla sua morte diede vita alla leggenda del ritorno di Sebastiano ed al nascere di un atteggiamento messianico definito sebastianismo che collegava il ritorno del re scomparso al riscatto dell'identità nazionale portoghese.
E' a questo punto che entrano in ballo le presunte profezie di di Gonçalo Anes (o Eanes) Bandarra di Troncoso nato nel 1500, di fatto un semplice calzolaio e, cosa non trascurabile data l'epoca "giudeo convertito" con una forte propensione per le profezie messianiche (non si dimentichi il caso della pubblicazione dedicata all'arrivo del Messia nel XVII secolo (vedi)), che fu però discreto conoscitore delle Sacre Scritture e che compose liriche di non facile lettura interpretativa il cui tema sostanziale era il ritorno in Portogallo di un re nominato Ecoberto, che tradotto significa il "nascosto", per dare origine ad un Quinto Impero. Gli scritti di Bandarra o Trovas vennero giudicati autentici scritti profetici sì da influenzare anche vari eruditi tra cui appunto padre Vieira: quando avvenne il disastro di Sebastiano I, ma non fu reperito il corpo del Sovrano portoghese, una valenza incredibile fu conferita alle Trovas e tanto in Lusitania che nella colonia brasiliana prese piede il "sebastianismo". Bandarra per questa sua presunta attività di profeta venne perseguito subendo un procedimento per eresia giudaizzante dall'Inquisizione portoghese ma venendo alla fine assolto pur con il risultato di vedersi inibire qualsiasi ulteriore commento biblico e al punto che i suoi libri vennero inseriti nell'elenco dei testi proibiti. Tra il dileggio degli "antisebastianisti" che negavano alle sue profezie alcun valore concluse la sua esistenza a Trancoso nel 1556 Comunque il "sebastianismo" non venne meno e viste le aspettative sorsero vari impostori, ben quattro, l'ultimo ed il più famoso dei quali fu il calabrese Marco Tullio Catizone, originario di Magisano e protagonista di una vicenda internazionale che coinvolse le corti di Francia e Spagna e mise in imbarazzo la Repubblica di Venezia ed il Granducato di Toscana che si erano trovate fortuitamente ad ospitarlo. La storia si concluse il 27 settembre 1603 con l'impiccagione del Catizone allora detenuto in Spagna.
Alla morte di Sebastiano I gli successe il prozio Enrico I: ma la scomparsa del giovane re precipitò il suo paese in una crisi dinastica destinata a concludersi con l'unione della corona portoghese a quella spagnola.