Figlio di Estienne Mabillon (morto nel 1692, all'età di 104 anni) e di Jeanne Guérin, si formò a Reims, dapprima presso il Collège des Bons Enfants e poi presso il locale seminario: nel 1654 entrò come monaco nell'abbazia di Saint-Remi, della congregazione benedettina dei Maurini. Dopo aver peregrinato attraverso numerosi monasteri del suo ordine (Corbie, Saint-Denis di Parigi) coltivando le sue ricerche storiche, venne chiamato (1664), come aiuto bibliotecario di Luc d'Achery, in quella di Saint-Germain-des-Prés di Parigi; in questo monastero ebbe modo di operare insieme a personaggi come Charles du Fresne, Etienne Baluze e Louis-Sébastien Le Nain de Tillemont.
Scrisse da allora una lunga serie di opere di erudizione, tra cui: la Sancti Bernardi opera omnia (1667), gli Acta sanctorum ordinis sancti Benedicti (in nove volumi, editi tra il 1668 e il 1701); i Vetera Analecta (1675 - 1685) e gli Annales ordinis sancti Benedicti (1703 - 1707).
È ricordato soprattutto per i sei libri del De re diplomatica (1681), ritenuta l'opera istituzionale della paleografia e della diplomatica moderne: il lavoro attirò l'attenzione anche di Jean-Baptiste Colbert e di Luigi XIV, per conto del quale intraprese un lungo viaggio attraverso le Fiandre, la Svizzera, la Germania e l'Italia, alla ricerca di libri e manoscritti medievali che arricchissero la biblioteca reale.
Di ritorno dal suo viaggio (1685), in polemica con l'abate Armand Jean Le Bouthillier de Rancé, fondatore dei Trappisti, che propugnava il ritorno dei monasteri a comportamenti più austeri, difese il diritto degli ordini religiosi a coltivare lo studio con un trattato sugli studi monastici del 1691 [Da Wikipedia, l'enciclopedia libera].
