"Il complesso di San Giovanni di Prè, conosciuto come la commenda di San Giovanni di Prè, è un edificio di culto cattolico di Genova sito in piazza della Commenda, nel quartiere di Prè, nei pressi della stazione ferroviaria di Genova Principe.
Il complesso consta di due chiese in stile romanico, sovrapposte l'una all'altra, che costituiscono il grosso del corpo architettonico, e di un edificio a tre piani, la commenda, ovverosia il convento e l'ospitale (locali al piano terra), che assolveva alla duplice funzione di stazione marittima sulle rotte della Terrasanta e di ospedale (ospitaletto), inizialmente per i pellegrini ed in seguito per i malati e gli indigenti della città.
Mentre il convento, l'ospitale e la chiesa inferiore sono oggi parte del Museoteatro della Commenda di Pré, sede di mostre ed esposizioni, inserite nel percorso museale del Mu.MA, la chiesa superiore, intitolata a san Giovanni evangelista, è invece ancora oggi un luogo di culto la cui comunità parrocchiale fa parte del vicariato "Centro Ovest" dell'arcidiocesi di Genova
L'attuale complesso venne fabbricato a partire dal 1180 alla foce del rio S.Ugo, un breve torrente, oggi interamente coperto, che scende dalla retrostante collina. In quest'area, in origine affacciata direttamente sul mare, anticamente sorgeva una chiesa intitolata al Santo Sepolcro, eretta secondo alcune fonti nel 636, anche se la prima attestazione documentata è del 1098, quando vi furono deposte le presunte ceneri del Battista, qui trasportate dall'oriente all'epoca della prima crociata, prima che fossero trasferite nella cattedrale di San Lorenzo. La chiesa apparteneva all'Ordine dei canonici del santo Sepolcro; con la caduta del regno cristiano di Gerusalemme [Il regno di Gerusalemme era uno degli Stati crociati costituiti nel Vicino Oriente in seguito alla prima crociata nel 1099. La caduta di San Giovanni d'Acri, nel 1291, ne determinò l'estinzione ] l'ordine fu disperso e le sue proprietà in Italia passarono ai cavalieri ospitalieri di san Giovanni di Gerusalemme.
La fondazione del complesso, che serviva principalmente come ricovero per i pellegrini diretti in Terrasanta, all'epoca delle crociate (da Genova salpava infatti in quegli anni la terza crociata) fu voluta da frate Guglielmo, un appartenente ai cavalieri gerosolimitani, organismo che nel 1420 avrebbe dato vita all'Ordine dei cavalieri di Malta.
L'edificio, allora chiamato "S. Giovanni de Capite Arene", all'epoca della sua costruzione era situato fuori dalle mura cittadine, in una zona ancora scarsamente popolata, e fu compreso all'interno della cinta muraria solo con l'ampliamento trecentesco.
L'ospitale di San Giovanni di Prè per tutto il Medioevo fu un importante punto di contatto tra le vie di terra provenienti dal Nord Italia e più in generale da tutta l'Europa occidentale e le rotte che da Genova portavano in tutti i porti del Mediterraneo. Per secoli fu un punto di riferimento essenziale per tutti coloro, cavalieri, soldati, mercanti, ecclesiastici e pellegrini, che per i motivi più diversi da qui transitavano diretti verso le sponde del nord Africa, l'Asia Minore e la Terrasanta.
Su piazza della Commenda sono affacciate le strutture architettoniche più elaborate: le logge del convento e il lato meridionale della chiesa in cui si apre una serie di bifore. La chiesa superiore, priva di facciata, nel Medioevo era adibita ad uso esclusivo dei cavalieri gerosolimitani, che vi accedevano direttamente dal piano loggiato, mentre quella inferiore era destinata ai pellegrini e agli abitanti, anche se a quell'epoca la zona circostante non era ancora molto popolata; nel XVIII secolo la chiesa superiore divenne luogo di culto pubblico e quella inferiore sede di confraternite. Un cunicolo dal salone-dormitorio a pianterreno portava direttamente al vicino approdo, sicché i cavalieri potevano imbarcarsi senza uscire dall'edificio.
Una lapide ricorda il soggiorno del papa Urbano V dal 13 al 20 maggio 1367, durante il suo viaggio di rientro da Avignone. Per oltre un anno, tra il 1385 e il 1386, vi soggiornò Urbano VI. Questo pontefice, fuggito dal castello di Nocera, dove era assediato dalle truppe di Carlo III, re di Napoli, si era rifugiato a Genova portando con sé come prigionieri alcuni cardinali che avevano congiurato contro di lui, e che proprio alla Commenda furono giustiziati nel dicembre 1385 (o nel gennaio 1386) e sepolti in un luogo prossimo alla chiesa. I loro resti furono rinvenuti nel 1829 durante lavori in un terreno adiacente al complesso.
In origine il complesso formato dalla chiesa inferiore e dall'ospedale era probabilmente intitolato al protettore degli ospitalieri, san Giovanni Battista, e solo agli inizi del Seicento si ha notizia dell'intitolazione a san Giovanni evangelista, mentre la chiesa superiore era chiamata "di S. Maria". Nel tempo si ebbero altre variazioni della denominazione: dal 1697 il titolo di S. Giovanni Evangelista passò alla chiesa superiore e quella inferiore fu intitolata a sant'Ugo, finché nella prima metà dell'Ottocento i due titoli furono uniti.
A causa delle leggi di soppressione degli ordini religiosi emanate nel 1798 dalla Repubblica Ligure (riaffermate e potenziate dai deliberati napoleonici come qui si vede) il complesso, esclusa la chiesa superiore, fu espropriato dal governo ed adibito a vari usi. Nel 1834 una parte della chiesa inferiore fu concessa in locazione alla congregazione degli operai evangelici franzoniani. La chiesa fu consacrata dall'arcivescovo Salvatore Magnasco l'8 giugno 1873.
Il complesso, dopo i recenti restauri, si presenta pressoché integro nel suo aspetto romanico, con la severità dei muri in pietra nera di Promontorio, il calore dei mattoni, l'eleganza delle colonne in marmo e dei soffitti in legno dipinti con motivi geometrici e floreali.
Subì una prima ristrutturazione nel 1508, per iniziativa del commendatore Brasco Salvago, nella parte conventuale e una seconda, nel tra il 1721 e il 1731, ad opera di Gerolamo Basadonne, nella chiesa superiore quando fu addirittura capovolto l'orientamento della chiesa stessa, in origine rivolto a levante come tutte le antiche basiliche. Questa inversione si rese necessaria per creare un accesso indipendente dall'esterno alla chiesa superiore, fino ad allora riservata solo ai cavalieri e quindi accessibile solo dall'interno del convento.
Vari interventi di restauro furono eseguiti a più riprese tra il 1870 e il 1936, ed ancora, a cura della Soprintendenza ai beni architettonici e ambientali, negli anni sessanta quando la struttura fu riportata all'originale stile romanico; questa fase dei restauri ha rimesso in luce anche gli affreschi e le soffittature lignee.
Un nuovo restauro complessivo si attuò nel 1992 in occasione del cinquecentesimo anniversario della scoperta dell'America adibendo le sale a spazi espositivi e quindi sede di mostre di carattere storico.
Da maggio 2009, dopo anni di restauri, l'Ospitale della Commenda è divenuto sede di un “museoteatro”, un allestimento in collaborazione con il Galata - Museo del mare in cui, in forma multimediale, i documenti della storia medievale diventano dialoghi e racconti interpretati dagli attori del “teatrodelsuono”, diretti da Andrea Liberovici, che danno vita a personaggi legati alla Commenda, a partire dal fondatore frate Guglielmo, ed a protagonisti delle crociate, cristiani e musulmani, come il sultano Saladino. Inoltre nel cortile interno è stato realizzato il “Giardino dei semplici”, un orto in cui sono coltivate le principali erbe officinali utilizzate nell'antico ospitale" [testo ripreso da Wikipedia, l'enciclopedia libera on line].