Entra giovanissimo nella Compagnia di Gesù, studiando nei collegi di Palermo, Roma, Amelia e Macerata; nel 1565 viene inviato in Francia per insegnare retorica dapprima a Billom, quindi a Parigi.
Quattro anni dopo viene richiamato in Italia, ove risiede nelle città di Milano, Padova, Genova, ancora Milano, Torino.
In questa città gli viene negata per la seconda volta la professione dei voti; Botero richiede allora di essere dimesso dalla Compagnia.
Dal 1581 dapprima a Luino, quindi a Milano, si pone al servizio di San Carlo Borromeo fino alla morte del santo (1584); dopo una breve missione in Francia (1585) per conto di Carlo Emanuele I, diviene segretario del giovane Federico Borromeo, che accompagna a Roma nel 1586.
Nel periodo del soggiorno romano, che dura fino al 1599, scrive le sue opere maggiori, Delle Cause della Grandezza delle città (1588), la Ragion di Stato (1589) e la prima parte delle Relazioni Universali (1591).
Alla fine del 1599, Carlo Emanuele I lo chiama alla corte di Torino in qualità di precettore dei figli Filippo Emanuele, Vittorio Amedeo ed Emanuele Filiberto; tra il 1603 e il 1606 accompagnerà i figli del duca in Spagna.
Legata al lavoro di precettore è la raccolta delle biografie di personaggi illustri I prencipi (1600) e di pii sovrani cattolici Prencipi cristiani (in due parti: 1601 e 1603).
Intanto, nel 1604 aveva avuto il titolo di abate di San Michele della Chiusa; dal ritorno dalla Spagna fino alla morte, avvenuta nel 1617, rimase sempre a Torino, precettore dei prìncipi Maurizio (futuro cardinale) e Tommaso; gli verrà riconosciuto il titolo di consigliere e primo segretario dei Savoia.
Altre opere importanti sono: De regia sapientia (Milano, 1583); Aggiunte alla Ragion di Stato (Roma, 1598); Relazione della repubblica veneziana (Venezia, 1605); I capitani (Torino, 1607); Detti memorabili di personaggi illustri (Torino, 1608).
