Nacque a Neumarkt nell'Alto Palatinato il 27 maggio 1576, da una umile famiglia luterana . Compì gli studi all'Università di Heidelberg e a quella di Altdorf, dove ebbe per docenti Nicolaus Taurellus e il filologo Conradus Rittershusius. Messosi in luce per l'intensa attività intellettuale, sfociata nella composizione di varie opere filologiche oltre che di edizioni di testi classici, si convertì al cattolicesimo a Praga nel 1598, dopo aver letto gli Annales Ecclesiastici del Baronio conquistandosi il favore di papa Clemente VIII in forza delle sue critiche alle confessioni protestanti. A causa della sua conversione, perse gran parte degli estimatori d'oltralpe, tra cui Kaspar von Barth, Daniel Heinsius e Giuseppe Giusto Scaligero, con il quale iniziò una lunga polemica. Per incarico dei suoi protettori romani, Schoppe divenne un formidabile polemista al servizio della Controriforma. Lanciò quindi i suoi strali critici contro calvinisti e luterani e nemmeno risparmiò i re Enrico IV di Francia e Giacomo I d'Inghilterra . L'Ecclesiasticus auctoritati Jacobi regis oppositus (1611), risultò un aspro attacco al re inglese Giacomo I suscitando una miriade di polemiche, inducendo l'ambasciatore inglese a Venezia Henry Wotton e il filologo Isaac Casaubon a replicare ufficialmente all'opera. Giacomo I fu enormemente irritato da questo scritto dello Schoppe che fece giustiziare in effigie.
