Si dedicò poi al romanzo ed alla stesura di melodrammi.
All'Aprosiana si custodiscono queste sue opere:
La vergine parigina di Francesco Fulvio Frugoni .., In Venetia : presso Combi e La Nou', 1661 3 v. (576, [22], 593, 549 p.) : ill. ; 12° [una delle opere del Frugoni custodita alla C.B.A..
L' heroina intrepida, overo La duchessa di Valentinese. Historia curiosissima del nostro secolo, adornata da Francesco Fulvio Frugoni .., Venezia, 1673, 4 v. ; 12°: il romanzo venne dedicato dal Frugoni alla duchessa del Valentinois, la genovese Aurelia Spinola, vedova del principe di Monaco Ercole II Grimaldi.
Del Sagro Trimegisto descritto nella vita di S. Massimo, vescovo di Riez dal ... Francesco Fulvio, Frugoni ... libri tre, Torino : appresso Bartolomeo Zapatta, 1666 [22], 460, [24] p. : 1 ill. ; fol.
Le vittorie di Minerva o vero la virtù trionfante de vitii. Gran balletto di Madama la duchessa di Valentinese, danzato in Monaco l'anno 1655 [Francesco Fulvio Frugoni], In Genova : nella stamperia di Benedetto Guasco [8], 82, [1] p. : ill. ; 4°.
Accademia della fama tenuta nel gran museo della gloria ... rapporto di Francesco Fulvio Frugoni nella nascita del Principe Reale di Piemonte, In Torino : per Bartolomeo Zavatta, 1666 [22], 472, 41 p. ; 12°
L'opera che forse lo ha reso più celebre resta però Il Cane di Diogene (1687 - 1689) vero esemplare di prosa barocca. Attraverso i viaggi e le avventure di Saetta e dei suoi padroni egli in sette latrati (cioè in sette volumi) satireggia, con abili giochi linguistici, un mondo "scongegnato" nei suoi poliedrici aspetti: una particolare attenzione merita il repertorio dei giudizi letterari offerti dal V latrato ovvero Il Tribunal della Critica (vedi: D. Conrieri, Il romanzo ligure dell'età barocca in "Annali della Scuola Normale Superiore di Pisa", 1974).
