A Ferrara fu poi segretario del cardinale Ippolito II d’Este, per l’appoggio del quale fu chiamato a Roma da Pio IV, nel 1563, e ottenne un incarico di professore all’università della Sapienza, posto che occupò fino al 1584. Insegnò dapprima la filosofia morale e, dal 1563 al 1572, commentò l’Etica Nicomachea di Aristotele poi le Pandette, spostando il suo interesse al campo del diritto. A partire dal 1572 ritornò agli studi più congeniali di retorica e filosofia. Nel 1572, il papa gli concesse la cittadinanza romana. L’opera di Muret fu molto vasta. Oltre ai commenti citati e a un’abbondante produzione filologica di Variae Lectiones, Muret si impose come retore, segnando la svolta della retorica secondo quell’orientamento anticiceroniano che sarebbe stato proprio di Montaigne. La lezione di apertura del corso di eloquenza (1572) è il punto di partenza di questo anticiceronianesimo: Muret vi fa il processo del purismo, pur volendo conciliare il rispetto della lingua e la precisione dello stile; condanna gli imitatori di Cicerone, riabilita Seneca e Tacito, senza abbandonare la chiarezza e l’eleganza ciceroniana. Muret ebbe anche una produzione poetica. I suoi versi francesi, pochi e dispersi, non hanno pregi particolari. Migliori furono i versi latini, tra cui notevole fortuna ebbe la raccolta pubblicata a Parigi nel 1553 col titolo di Juvenilia.
