"Il 17 marzo 1691 nella libreria dello Spedale di Santa Maria della Scala, Pirro Maria Gabbrielli, docente di Medicina e di Botanica nell'Ateneo senese, insieme con alcuni allievi, dette vita all'Accademia delle Scienze di Siena con l'intento di offrire una interpretazione sperimentale del mondo fisico: scelta questa antiaristotelica che si inseriva nel rinnovamento culturale e scientifico europeo.
Per gli Accademici fu coniato il termine Fisiocritici, fondendo le parole greche physis (natura) e criticos (giudici), a sottolineare che lo scopo degli scienziati aderenti all'Accademia era quello di "scrutinare ed indagare con giudicio i segreti della natura e quasi come giudici ributtare dalle scienze naturali ciò che è falso per meglio apprendere quello che è vero".
La pietra di paragone con cui si distinguevano l'oro e l'argento veri da quelli falsi divenne l'emblema della nuova Istituzione, mentre per motto furono scelte le parole veris quod possit vincere falsa tratte dal De rerum natura di Lucrezio Caro, filosofo e poeta latino vissuto nel I secolo dopo Cristo. La vita dell'Accademia ebbe alterne vicende, con periodi di grande attività e periodi di torpore, in quanto condizionata anche da vicende politiche. Dopo i primi anni assai dinamici, nella seconda metà del XVIII secolo si ebbe un nuovo periodo di operosità, e iniziò la pubblicazione degli Atti, che raccoglievano le comunicazioni tenute nelle sedute pubbliche.
Tra gli accademici vi furono i più illustri scienziati italiani e stranieri. Le vicende politiche della fine del 1700 e un terremoto che provocò notevoli danni alla sede dell'Accademia, ne limitarono l'attività, che riprese solo dopo il trasferimento nella attuale sede. Dopo un periodo di difficoltà economiche, la vita accademica si riaccese con vigore, nella nuova sede venne costruita una meridiana e alla metà del 1800 fu costituita una sezione agraria.
Successivamente la fusione con l'Università e il particolare momento politico determinarono un periodo di stasi.
Con la proclamazione del Regno d'Italia, la vita dell'Accademia si stabilizzò in una coesistenza con l'Università, alla quale cedé in uso locali e il terreno di sua proprietà, nonché il Museo di Storia Naturale. Faticosa fu la ripresa nel periodo del dopoguerra: la pubblicazione degli Atti, anche se non costante, rimase l'unica attività. Con l'istituzione nell'Università della Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali (1967) ed il conseguente sviluppo di discipline naturalistiche, insieme a studiosi di scienze medico-biologiche, l'Accademia riprese vigore tornando allo spirito delle origini" [testo dal sito on-line "Accademia dei Fisiocritici di Siena Onlus"].