Denominazione del comune costituito dall'Isola di Capraia, che ha un unico centro abitato dal quale si sale alla Fortezza di San Giorgio, eretta al principio del '400 dai Genovesi per difendere gli abitanti dalle incursioni barbaresche divenute tambureggianti ai tempi dell'alleanza militare di Francesco I di Francia coi Turchi, che gli misero a servizio la loro potentissima flotta occidentale o barbaresca, per opporsi alla strapotenza militare e soprattutto navale di Carlo V di Spagna.
Capraia è un'isola interamente vulcanica, tutta montuosa, culminante nel M. Castello (447 m), con costa quasi ovunque rocciosa ed inaccessibile.
Già nota ai Greci (Aigilon) ed ai Romani (Capraria, Caprasia in Varrone, De re rust. 2, 3, 33: "si quas alimus caprae a capris feris ortae, a quis propter Italiam Caprasia insula est nominata") nel sec. IV diviene asilo di cenobiti di tradizione orientale-bizantina.
Conquistata dai Saraceni nel 1005, appartiene poi ai Pisani e quindi ai Genovesi.
II suo nome deriva certamente da capra col suffisso -aria (> toscano -aia); già Repetti 1833-1846, II, 583 osserva: "Non è improbabile che cotestav isola traesse il nome di Capraja dalle molte capre che tuttora si trovano costà al pari che in altre isolette più deserte dell'arcipelago toscano".
Diversa interpretazione ha formulato l'Alessio (1936a, 179) ponendo all'origine del nome di luogo o toponimo una base linguistica mediterranea cioè Karpa ="roccia": prevale comunque l'interpretazione di un collegamento del nome al grande insediamento di capre selvatiche come si legge nel moderno Dizionario di Toponomastico edito dalla U.T.E.T. di Torino: peraltro anche la vicina ISOLA DI GORGONA è citata dai classici come URGO (Plinio, Nat. Hist., III, 81) ed URGO derivererebbe da una base *gorg- con il significato di capra: non si dimentichi il greco gorgoneion cioè lo scudo di Atena con la testa di Medusa in aspetto di capra.