Dopo avere completato la sua formazione iniziale a Leida, si iscrisse all'università di tale città e si addottorò nel 1608.
Antepose lo studio delle lingue orientali a quello inizialmente ideato della teologia.
In seguito viaggiò per Inghilterra, Francia, Italia e Germania, entrando in contatto con famosi esponenti della cultura contemporanea.
Durante il suo soggiorno a Parigi strinse con il Casaubon un'amicizia che durò per la vita ed inoltre prese lezioni di arabo da un egiziano, Joseph Barbatus, altrimenti denominato Abu-dakni.
A Venezia perfezionò invece in turco, persiano e nelle lingue etipiche.
Dopo molto tempo, Erpenius ritornò in patria nel 1612 e nel febbraio 1613 fu fatto professore di arabo ed altre lingue orientali, ebraico escluso, nell'università di Leida.
Nel 1619 i curatori dell'università di Leida istituirono per lui una seconda cattedra di ebraico nel suo favore: dal 1620 per l'Olanda divenne interprete ufficiale del paese per i contatti con l'Islam sì che a lui spettava il compito di interpretare, con opportune risposte, le tante lettere dei principi musulmani dell'Asia e dell'Africa.
La sua reputazione ora si era sparsa durante tutta l'Europa e parecchi principi, i re dell'Inghilterra e della Spagna e l'arcivescovo di Siviglia gli fecero per i suoi servigi lusinghiere offerte che rifiutò costantemente pur di non lasciare il proprio paese natale.
Stava preparando un'edizione del Corano con una traduzione latina e le note e stava progettando una biblioteca di testi orientali, quando si spense prematuramente il 13 novembre 1624.
Fra i suoi impianti può essere accennata la sua arabica di Grammatica, essere pubblicata originalmente in 1613 ed essere ristampata spesso; Linguae Arabicae (1620) di Rudimenta; Generalis di Grammatica Ebraea (1621) Grammatica Chaldaica et Siria (1628); e un'edizione di storia del Elmacin del Saracens. [Vedi Encyclopaedia Britannica volume undicesimo, sotto nome]
