Dal 1288 PERINALDO ed il suo strategico territorio entrano a far parte della Signoria dei Doria di Dolceacqua.
Secondo i Diritti dei Doria del XVI sec. vengono ribadite per il borgo le identiche rubriche degli altri paesi colla variante del VI e VII cap. ove si stabilisce che i residenti debbano versare alla Purificazione in Febbraio 75 lire genovesi al Signore, che a Natale i bandioti debbano al Signore duo motones novellarii pingues...una crupa ovis optimae...e in festo Paschatis duo capreoli vel florenum unum pro libito voluntatis domini.
Dal 1559 dopo la pace di Cateau Cambresis si succedono alterne vicende per la Signoria dei Doria in bilico nelle alleanze con la Repubblica di Genova od il Piemonte.
I rapporti fra i Doria ed i Savoia si guastano nel XVII sec. e nel 1625, durante la guerra tra Genova e i Savoia, la Signoria di Dolceacqua si allea con la Serenissima Repubblica.

In Perinaldo, nel luogo detto la Loneta, i Doria possedevano poi due frantoi, in quello inferiore vi erano quattro botti grandi, due vasi lignei, di cui uno molto grande per contenere le olive e l'altro per riporvi l'olio, un' Hydria assai capace e quattro situlae.
Nel mulino superiore stavano invece tre botti grandi, tre piccoli tini, quattro situlae, una tineta, 34 sportulae, 2 corbulae, 2 anelli di ferro, ed uno strumento per aspirare l'olio d'oliva.
La rubrica 99 degli Jura o DIRITTI DEI DORIA menziona inoltre che a riguardo "Dei prati" il Signore di Dolceacqua ne aveva tre all' Alpicella (Arpexella), un altro sito al luogo "screpin" ed un altro ancora a "campi".
Per reazione le truppe sabaude invadono i territori dei Doria: questi potranno rientrare poi in possesso del loro Dominio solo dal 1652 dopo aver prestato atto di vassallaggio ai Savoia ed aver visto trasformare l'antica Signoria in Marchesato, che da tal data entra del tutto nell'orbita politica piemontese.
Nel 1672, sorto un altro conflitto dei Savoia con Genova, il Marchesato viene invaso dalle forze genovesi ed il borgo di Perinaldo viene saccheggiato sì che la sua fortezza, posta sullo sperone ovest dell'altura a controllo delle vie di crinale, viene del tutto demolita (oggi ne sopravvive solo il nome nella "Piazza Castello".
Da questo momento Perinaldo non patisce più altri danni ma entra nella crisi socio-economica dell'intero Marchesato, che entra in decadenza irreversibile dopo la distruzione del Castello di Dolceacqua durante la Guerra di Successione al Trono imperiale del XVIII secolo.
Esplosa la Rivoluzione francese ed affermatasi la stella di Napoleone, col trattato di Presburgo (28-XII-1806) Repubblica di Genova, Piemonte e tutti gli staterelli vicini diventano parte stessa dell'Impero francese.
Dopo la sconfitta di Napoleone (1814-'15) ed in seguito all'"Atto finale" del Congresso di Vienna (9-VI-1815) il Piemonte si trasforma in Regno di Sardegna, annettendosi il Dominio della soppressa Repubblica di Genova.

Non più contesa fra potenti rivali e non essendo più fortilizio sito su ambigui confini, Perinaldo prende a fiorire.
Da questo momento la sua storia si identifica con quella del Regno Sardo e, dal 1861, del Regno d'Italia.
Perinaldo, che gode di buon clima ed è immerso in un ambiente naturale molto bello, ha discrete risorse architettoniche.
Oltre alla sopravvivenza, ai lati est ed ovest di Piazza Castello, di due volte con copertura a botte (da collegare con le antiche fortificazioni) il paese si qualifica per la parrocchiale di San Nicola (o più precisamente della COLLEGIATA DI SAN NICOLA), la cui costruzione risale al 1489 anche se durante il '600 la chiesa venne modificata in linea col gusto barocco.
Nel 1887 il terremoto che demolisce Bussana e seppellisce centinaia di vittime nella parrocchiale di Baiardo, arreca gravi danni anche alla parrocchiale di Perimaldo, rovinandone l'abside, la facciata ed il campanile.
Per questo risultano oggi assai interessanti i restauri effettuati tra il 1966 ed il 1969 in forza dei quali l'antica chiesa si può oggi ammirare nella sua originale linea quattrocentesca, con l'armoniosa successione di belle colonne sormontate da capitelli cubiformi.

Tra il patrimonio della chiesa parrocchiale è da ascrivere questa tela, denominata comunemente Delle Anime, datata della II metà del '600 ed attribuita alla scuola del Guercino (Giovanni Francesco Barbieri, da Cento).

Ancora dignitoso compare l'edificio del Castello Maraldi dimora, tra XVII e XVIII sec., degli astronomi e cartografi Cassini, Maraldi e Borgogno.

Il SANTUARIO DI NOSTRA SIGNORA DELLA VISITAZIONE sorge non lontano dalla storica STRADA DEL VERBONE su di un poggio che guarda a nordo verso il PAESE.
Si tratta di una CHIESA CAMPESTRE eretta nel 1600 dagli abitanti di Perinaldo: sarebbe stata collocata in tale posizione, in linea del meridiano ligure, su proposta di GIANDOMENICO CASSINI.
Dopo un lungo abbandono il SANTUARIO fu restaurato per volontà popolare e riconsegnato alla pratica della fede il 22-8-1965 come si apprende da una iscrizione sulla facciata: sull'ingresso in pietra arenaria domina una STATUA DELLA VERGINE mentre sopra l'altare è stata posta una tela raffigurante la MADONNA DELLA MISERICORDIA.
Nel dialetto di Perinaldo la CHIESA è detta MADONA RU POGIU RU REI cioè "Madonna del poggio dei rei": secondo la tradizione tale nome le sarebbe stato conferito in quanto, secondo i canoni del DIRITTO INTERMEDIO, i condannati dovevano percorrere tutto intorno il SANTUARIO in abita da penitenti e indossando un cappuccio.
La tradizione non pare priva di fondamento.
Non era raro nel passato il caso di REI, per motivi religiosi o civili, costretti a compiere dei percorsi obbligati: ciò lo si ricava dalle norme di molti STATUTI CRIMINALI E CIVILI e, su scala più estesa dal DIRITTO PENALE E CIVILE DEGLI STATI.
La pena più temuta, secondo gli STATUTI DI GENOVA [che son poi simili se non più miti di altri, compresi quelli dei SAVOIA] era di PROCEDERE TRAINATI DA UN ANIMALE SIN AL LUOGO DELLA PENA ed in particolare, fra vari tipi di CRIMINALI, alla pena di procedere sin a determinati luoghi di culto per essere puniti sotto gli occhi di tutti in particolare erano condannati i LADRI.