S. TOMMASO è inserita nel "Malborgo" di Pigna e di essa son purtroppo rimasti solo ruderi per quanto imponenti. L'edificio, mediamente datato del XII secolo ma con reperti ascrivibili anche al XIII, costituisce la maggiore chiesa della valle del Nervia. Era a tre navate, con una cripta ed un presbiterio rialzati cose che lo rendevano architettonicamente prossimo a S. Giorgio di Dolceacqua e al complesso conventuale intemelio facente capo alla Chiesa di S. Michele. Per quanto le condizioni della grande chiesa siano oggi allo stato di rovine, prendendo spunto da quanto scrisse Girolamo Rossi nella "Storia del Marchesato di Dolceacqua" si dovrebbe però pensare ad un abbandaono molot lento di tale luogo di culto attesa la notizia che, ancora nel 1789, la chiesa sarebbe stata consacrata e vi sarebbe stata tenuta una messa da un tal don Pietro Giauna: ad integrazione del perdurare del culto a Pigna per questo antico edificio di culto lo stesso Rossi annotò pure che era abitudine del clero locale di effettuare nella seconda festa della Pentecoste" delle processioni allo scopo di pregare sulla tomba di una donna inumata in una cassa di puddinga posta all'ingresso della chiesa. Alcune osservazioni architettoniche, in effetti, hanno permesso di notare che, a differenza per esempio di S. Pietro in Ento di Apricale decisamente abbandonata nel XIV secolo, questa grande chiesa di Pigna avrebbe subito ancora nel XIV secolo dei rifacimenti ad indizio di una sua vivacità e frequentazione. Ciò sarebbe indicato dai BACINI CERAMICI collocati alla sommità di ciascuna arcata propri del tipo PULA, una ceramica propria di siffatta epoca. Allo stesso periodo sarebbero peraltro da ascrivere le sculture che tuttora si vedono sopra le tre arcate finali e che rappresentano un'elica, una stella ed una croce di Malta cui è collegata un'epigrafe, posta sul I pilastro, procedendo dalla controfacciata, ed in cui si legge l'abbreviazione incisa "J. R." ("Jesus Redemptor").