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La chiesa risale al 398 d.C e fu costruita per volontà del senatore Bizante sulla casa dove i due ufficiali romani, Giovanni e Paolo, nel 362 vennero martirizzati da Terenziano.
Danneggiata dall'incursione barbara di Alarico nel 410, e dal terremoto del 442, nonché dal saccheggio dei Normanni nel 1084, fu di nuovo costruita e sotto il pontificato di Pasquale I° [817-824] fu edificato il convento e iniziato il campanile a sei ordini con doppie bifore concluso attorno al 1150.
Seguirono restauri e alterazioni fino al 1952 quando si ripristinò la facciata paleocristiana di tipologia aperta.
La basilica è difatti preceduta da un portico con architrave poggiante su colonne antiche.
L'interno è suddiviso in tre navate da pilastri affiancati alle colonne originarie.
Al centro della basilica una lapide ricorda il luogo dove vennero martirizzati i due santi.
Nell'abside 'Cristo in Gloria' affresco di Cristoforo Roncalli dal Pomarancio [1588] sotto 'Martirio di S.Giovanni' 'Martirio di S.Paolo' e 'Conversione di Terenziano' di Domenico Piastrini, Giacomo Triga e Pietro Andrea Barbieri [1726].
All'altare maggiore una vasca in porfido raccoglie le reliquie dei due martiri.
A sinistra dell'altare una porticina immette in un piccolo ambiente dove è custodito 'Cristo in trono fra sei apostoli', del XIII° secolo.
In sagrestia importante tavola di Antoniazzo Romano raffigurante 'Madonna con Bambino e i Ss.Giovanni Evangelista e Giovanni Battista e i Ss.Girolamo e Paolo'.
In fondo alla navata destra si accede ai sotterranei visitabili soltanto con permesso, dove gli scavi del 1887 portarono alla luce quattro ambienti databili dal I° al IV° secolo d.C con affreschi e pitture dell'epoca.