Il matematico, mago e astrologo inglese John Dee nacque il 13 luglio 1527 a Londra, figlio unico di Roland Dee (m. 1555), un ricco mercante in tessuti di origine gallese e sarto alla corte di Enrico VIII d'Inghilterra (1509-1547), e di sua moglie Jane Wild.
Dal 1537 il giovane D. fu mandato a studiare alla Chantry School di Chelmsford, nella contea dell'Essex, poi entrò, nel 1542, nella St. John's College, a Cambridge, dove studiò matematica e astronomia, ottenendo il suo baccalaureato nel 1546, anno in cui fu nominato membro della Trinity College, a Cambridge, fondata da Enrico VIII.
Nel 1547 D. decise di recarsi in Olanda per motivi di studio: ritornato dopo un anno ottenne il laurea in arti liberali, ma dopo poco dovette riparare all'estero sotto l'accusa di congiura.
Ritornò quindi nuovamente nei Paesi Bassi, a Lovanio e Bruxelles, e in Francia, a Riems, abitandovi tra il 1548 ed il 1551 e studiando con famosi studiosi locali, come il cartografo Gerardo Mercatore (1512-1594) e il matematico Pedro Nunez (Nonius) (1492-1577).
D. rientrò in Inghilterra nel 1551 e ottenne una rendita di 100 corone dal re Edoardo VI (1547-1553) e la posizione di rettore di Upton-upon-Severn. Tuttavia, dopo la salita al trono della regina Maria Tudor, detta la Sanguinaria (1553-1558), D. fu, nel 1555, accusato di stregoneria, ed in particolare di aver attentato alla vita della regina per mezzo di sortilegi maligni e calcoli matematici (pare che la futura regina Elisabetta gli avesse chiesto di calcolare la data della morte della sorellastra!) e fu quindi imprigionato a Hampton Court.
Dopo la sua liberazione, le sue fortune iniziarono a migliorare con l'ascesa sul trono d'Inghilterra proprio di Elisabetta I (1558-1603), in particolare quando il favorito della regina, Lord Robert Dudley (1532-1588), chiese a D. di scegliere una data propizia per l'incoronazione della sovrana, che in questa occasione prese alcune lezioni di astrologia dal mago, rimanendone molto impressionata.
Nei successivi cinque anni D. si dedicò ai suoi studi di astrologia, astronomia, alchimia, matematica, occultismo e magia bianca, e ad ampliare la sua ricca biblioteca, ma nonostante i favori di Elisabetta I, egli non riuscì ad ottenere una totale tranquillità economica, quindi, per tagliare le spese, andò ad abitare da sua madre a Mortlake, nella contea del Surrey.
In questa casa (che ereditò nel 1580) egli pose la sua biblioteca di 4.000 volumi e 700 manoscritti, oltre a rari e strani oggetti, alcuni dei quali andarono distrutti a causa di successive incursioni e devastazioni (soprattutto durante i suoi frequenti viaggi all'estero) da parte di teppisti superstiziosi, i quali lo ritenevano amico del Diavolo.
Tra il 1564 e il 1571 egli fece diversi viaggi in Europa [tra l'altro regalò una copia della sua Monas hieroglyphica al neo-eletto imperatore Massimiliano II (1564-1578)], mentre in patria, nello stesso periodo, fu impiegato per istruire gli equipaggi delle navi della Compagnia di Navigazione anglo-russa Muscovy, fondata dal celebre esploratore Sebastiano Caboto (1474-1557). Nel 1577 egli pubblicò il trattato Perfect Arte of Navigation (L'arte perfetta della navigazione), in realtà un testo di propaganda per la creazione di un impero britannico, mentre l'anno dopo (1578), dopo due matrimoni senza eredi, si sposò con Jane Fromands, da cui ebbe otto figli.
Dal 1581 egli iniziò ad indagare sempre di più il mondo del soprannaturale, soprattutto degli angeli, dapprima con esperimenti di cristallomanzia, una tecnica divinatoria usando sfere di cristallo o bacinelle d'acqua, e successivamente con ben più inquietanti sedute di divinazione, mediante rievocazione di morti (necromanzia), con l'aiuto di Edward Kelly (1555-1593), un medium, sensitivo e alchimista, comunque un vero truffatore, a cui, per punizione, erano state tagliate le orecchie, e che D. conobbe nel 1582. Tuttavia non tutti gli autori concordano sul fatto che D. abbia mai partecipato agli esperimenti di necromanzia organizzati da Kelly.
I due, con le proprie famiglie, viaggiarono tra il 1583 ed il 1589 in Polonia, dove furono ospitati e sponsorizzati dal conte palatino di Siradz, Albert Laski, nipote del riformatore Jan Laski .
A Cracovia nel 1585 D. incontrò e fece amicizia con il pensatore utopistico Francesco Pucci , che accompagnò D. e Kelly i due nel loro viaggio a Praga per andare a visitare l'imperatore Rodolfo II (1578-1612). Qui il loquace e polemico Pucci abbandonò la compagnia dei due maghi (con sollievo di D., che lo considerava pericolosamente chiacchierone e utopico: aveva perfino cercato di convincere D. ad andare a Roma per presentare al papa i suoi esperimenti di necromanzia!). A Praga i due furono ricevuti da Rodolfo II, al quale, si dice, D. abbia venduto il misterioso (e tuttora non decifrato) manoscritto Voynich.
Sempre a Praga l'alchimista ebreo Jacob Eliezer, noto come il Rabbi Nero, avrebbe donato a D. un libro di magia nera e necromanzia denominato Necronomicon, ma il mago fu fortemente impressionato dalla lettura e dallo studio del testo.
Poco dopo D. e Kelly litigarono e si separarono in seguito alla disinvolta (e indecente) proposta di Kelly di mettere le mogli in comune: D., ammalato e a corto di denaro, decise di rientrare a Mortlake nel 1589, per amaramente constatare che la sua biblioteca, in sua assenza, era stata saccheggiata.
Kelly andò incontro ad un ben più tragico destino: spacciandosi come lo scopritore della Pietra Filosofale e dell'Elisir di Lunga Vita, fu arrestato come eretico e stregone, dapprima a Praga poi nella Germania meridionale, dove, nel corso di un tentativo di evasione nel 1593, cadde rompendosi due coste e ambedue le gambe e riportando ferite così gravi che ne morì poco dopo.
Per D. il rovescio economico creato dal furto dei libri ed oggetti nella sua biblioteca fu molto grave e per anni egli si dibatté in condizioni molto disagiate finché la regina Elisabetta, nel 1596, non lo nominò dapprima cancelliere della Cattedrale di San Paolo a Londra, poi sovrintendente del Christ College di Manchester, dove egli si trasferì con la sua famiglia: purtroppo nella città inglese scoppiò nel 1605 un'epidemia di peste, che uccise sua moglie e diversi suoi figli.
Precedentemente egli avrebbe lavorato sulla traduzione in inglese del Necronomicon, che però non venne mai stampato e probabilmente contribuì alle accuse di stregoneria, contro le quali egli dovette difendersi negli ultimi anni della sua vita.
D. morì poverissimo a Mortlake il 26 marzo 1609.
Come già detto, la vastità degli studi di D. sulla astrologia, astronomia, alchimia, matematica e magia bianca, è veramente notevole.
Le opere più importanti sono: Monas hieroglyphica (1564), un testo di ermetismo, cabala ed alchimia. Propaedeumata Aphoristica (1568), una miscela di concetti di fisica, matematica, astrologia e magia. Parallacticae commentationis praxosque (1573), un trattato di metodi trigonometrici per calcolare le distanze delle stelle. Perfect arte of navigation (1577), un libro di propaganda per la creazione di un impero britannico.
Inoltre l'esperienza fatta nelle comunicazioni con gli angeli di D. e Kelly venne riassunta nel libro A true and faithful relation of what passed between Dr. Dee and some spirits (Una vera e fedele relazione delle comunicazioni tra il Dr. Dee e alcuni spiriti), scritto da Méric Casaubon (1599-1671), figlio del più noto Isaac, basandosi sulle annotazioni originali del presunto mago inglese, rinvenute dopo la sua morte.